上周处理一票德国FBA头程订单时，客户拿着我们开的增值税普通发票问：“你们发票里的海运费部分能不能免税？我之前找的货代说可以，但会计说不行，到底信谁？”这个问题戳中了很多跨境物流从业者的痛点——2025年政策更新后，货运代理发票含运费的免税规则又有了新调整，稍不注意就会踩坑，今天我结合3个真实案例，拆解2025年最新政策下的免税条件、误区和实操步骤,帮你搞懂这个绕不开的财税难题。

2025年货运代理发票免税的核心政策是什么？

根据2025年3月国家税务总局发布的《跨境应税行为增值税免税管理办法》（税总公告2025第8号），国际货运代理服务中的“代为收取并支付给其他单位或个人的运费、报关费、港杂费等”，若同时满足以下3个条件，可享受增值税免税：

1. 服务场景合规：运输起运地或目的地至少有一方在境外；
2. 费用性质明确：属于代垫费用（非货代自营服务）；
3. 凭证完整有效：取得银行转账记录、第三方发票等支付证明。

需要特别注意：货代公司自有车辆/船队提供的国内段运输服务，不属于“代垫”范畴，需按“交通运输服务”缴纳9%的增值税,不能混入免税金额。

3个真实案例：货代发票免税踩坑的常见场景

案例1：自营运费混为代垫，补税12万+滞纳金

深圳某货代A，2025年Q1为客户提供“门到门”海运服务：用自有卡车运输国内段（东莞→盐田港），再海运到洛杉矶，发票统一开“货运代理费”150万元，其中40万元是国内自营运费，公司按全额免税申报，税局稽查时认定：自营运费不属于代垫，需补税40万×9%=3.6万，加上滞纳金和罚款共12万元。

教训：自营与代垫费用需分开核算，发票应分别列示“自营运费”和“代垫海运费”,避免混淆。

案例2：代垫运费无凭证，免税资格被取消

广州货代B，2025年2月帮客户代垫海运费5万美元，但客户直接转账给船公司，B未保留委托支付证明和船公司发票，税局认为无法证明“代垫”性质，要求补税5万×6.9×6%=2.07万元。

教训：代垫费用需留存“三流一致”凭证：委托协议、银行回单、第三方发票。

案例3：发票备注栏缺失，免税不被认可

上海货代C，2025年3月开具的发票备注栏仅写“国际货运代理”，未注明运输工具、起止港和提单号，税局以“信息不全无法证明境外服务”为由，拒绝认可免税，补税8万元。

教训：备注栏需包含“国际运输服务”标识+运输工具+起止港+提单号（如：国际海运集装箱船/深圳盐田港→洛杉矶港/MSCXXXXXX）。

货运代理发票含运费免税的正确操作指南

明确服务边界：区分自营与代垫

合同中清晰列明服务内容：自营部分（如国内运输、仓储）单独定价，代垫部分（如海运费、报关费）注明“代收代付”，发票分别列示两项金额，避免合并开具。

留存完整凭证：确保三流一致

代垫费用需保存：

• 客户委托代垫的书面协议；
• 货代向第三方支付的银行回单；
• 第三方开具的发票（抬头可为货代或客户，需与合同一致）。

凭证保存期不少于5年，以备税局抽查。

规范发票开具：备注栏信息齐全

2025年发票新规要求备注栏必须包含：

• “国际运输服务”字样；
• 运输工具类型（如“海运集装箱船”“国际航班”）；
• 起运地点和目的地点（如“中国深圳盐田港→美国洛杉矶港”）；
• 提单号或运单号（如“MSCXXXXXX”）。

正确申报免税：电子税务局存档

首次申报免税时，需在电子税务局上传合同、凭证等资料；每月申报时，在增值税申报表“免税销售额”栏填写代垫金额，并注明“国际货运代理代垫费用免税”。

FAQ：货代发票免税高频疑问解答

Q1：小规模纳税人的国际货代发票能免税吗？
A：可以，无论一般纳税人还是小规模纳税人，满足政策条件即可享受免税，但小规模纳税人选择免税后不能开具增值税专用发票。

Q2：空运燃油附加费、机场建设费能免税吗？
A：可以，这些费用属于代垫给航空公司的，有合法凭证即可与运费一起免税。

Q3：国内跨境电商企业作为客户，能享受免税吗？
A：可以，只要运输目的地在境外（如FBA仓）,满足其他条件即可免税。

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